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常見(jiàn)的DNA損傷類(lèi)型有哪些？
發(fā)布時(shí)間： 2021-10-25 點(diǎn)擊次數(shù)： 5665次說(shuō)起DNA損傷修復(fù)，相信大家都很熟悉，但小編今日還是要跟大家再?lài)Z嘮這個(gè)話題，講講在二代建庫(kù)中，如果DNA存在損傷，那常見(jiàn)的損傷類(lèi)型有哪些呢？而這些損傷又是如何進(jìn)行修復(fù)的呢？
損傷的形成
常見(jiàn)的DNA損傷有兩種，一種是由DNA復(fù)制中的錯(cuò)誤或DNA自發(fā)性的化學(xué)變化引起的自發(fā)性損傷，一種是由物理或化學(xué)等外界環(huán)境因素引起的被動(dòng)性損傷。這些損傷如果發(fā)生在活體中，會(huì)由機(jī)體進(jìn)行自發(fā)性修復(fù)，但如果損傷嚴(yán)重，不能*修復(fù)，長(zhǎng)時(shí)間則會(huì)引起機(jī)體老化或腫瘤等疾病的發(fā)生。
在建庫(kù)過(guò)程中，我們遇到的DNA損傷多為外界環(huán)境引起的被動(dòng)性損傷，如高溫，紫外照射，甲醛固定等等，而這些損傷既不是機(jī)體本身具有的，也不能通過(guò)機(jī)體自身的機(jī)制來(lái)進(jìn)行修復(fù)，所以，為了獲得準(zhǔn)確的樣本基因信息，后期的人為修復(fù)是定不可少的啦！
常見(jiàn)的損傷類(lèi)型及修復(fù)模式
針對(duì)FFPE，cfDNA樣本，影響文庫(kù)構(gòu)建的常見(jiàn)損傷類(lèi)型可以分為：胞嘧啶脫氨，AP位點(diǎn)，Gap，Nick，3’端封閉等，接下來(lái)，小編對(duì)這幾種損傷進(jìn)行簡(jiǎn)單的介紹：
胞嘧啶脫氨
是指胞嘧啶的環(huán)外氨基在亞硝酸鹽等氧化劑存在的情況下發(fā)生脫落，形成尿嘧啶，原本的CG位點(diǎn)就變成了UG位點(diǎn)。修復(fù)時(shí)，新形成的尿嘧啶可被專(zhuān)一的N-糖苷酶切除，然后用AP核酸內(nèi)切酶打開(kāi)磷酸二酯鍵，進(jìn)行切除修復(fù)。
AP位點(diǎn)
又被稱(chēng)為脫嘌呤或嘧啶位點(diǎn)：AP核酸內(nèi)切酶可識(shí)別DNA上的AP位點(diǎn)，切開(kāi)AP位點(diǎn)附近的DNA鏈，然后在DNA聚合酶和DNA連接酶的作用下完成修復(fù)。
Gap和Nick均屬于單鍵斷裂
Gap和Nick均屬于單鏈斷裂的損傷類(lèi)型，多由氧化或β糖苷鍵發(fā)生水解造成。在修復(fù)時(shí)，會(huì)有相應(yīng)的DNA聚合酶和DNA連接酶進(jìn)行損傷位點(diǎn)的識(shí)別與感應(yīng)，完成斷裂單鏈的修復(fù)。
3‘端封閉
最后再說(shuō)說(shuō)3‘端封閉，一般是3‘末端被其他基團(tuán)封閉造成，DNA分子不能正常進(jìn)行延伸或連接反應(yīng)。這種損傷類(lèi)型的修復(fù)方式需要將封閉的基團(tuán)切除，暴露出羥基，再由DNA聚合酶和DNA連接酶來(lái)完成修復(fù)。
圖1. DNA損傷后修復(fù)建庫(kù)示意圖
以上提到的5種損傷形式，都會(huì)影響文庫(kù)的正常構(gòu)建以及樣本基因信息的準(zhǔn)確性。
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